駅の開業は1899年、山を切り出し、平らに造成しなければいけない地形上、工期が間に合わず、現在の場所より１キロほど東側に位置していた。移設されたのはその４年後。
戦後は優等列車が組み込まれ、博多や大分までの直通特急も走っていた時期があったが、押し寄せるモータリゼーションの波にのまれ次々と廃止。とどめとなったのは、天草への連絡橋“天草五橋”の開通後、観光客は直通で行けるバスへ転換。また、連絡船の相次ぐ廃止など、現在はひっそりとしながら、観光シーズンになると横切る自動車渋滞で賑わったりもする。
現在の駅舎が建てられたのは1988年、写真では判りにくいが屋根には十字架が設けており、キリシタンで歴史のある天草や長崎への玄関口としてのものなのか。また、駅舎前面を覆うように、展望デッキが設けられおり、三角湾を眺望することも出来たが、2012年10月に観光列車「A列車で行こう」新設の際に駅全体がリニューアルされこのデッキは取り外されている。リニューアルに際し、デザイナーである水戸岡鋭治氏監修により外観の塗装及び駅舎構内が大幅に一新し、彼が得意とする木を基調とした温もりのあるレトロ調な駅へとなった。
ホームは単式型であり、入れ替えは行わない。機回し線が現存するが、使用はされておらず手動の転轍機が残る。三角線は終日、毎時１本ダイヤであり、交換は住吉または網田で行われている。
